Genómica y Secuenciación

• Secuenciación Sanger (AB 3500 Genetic Analyzer de ThermoFisher)

El Secuenciador automático de 8 capilares AB 3500 permite una amplia variedad de aplicaciones que incluyen, además de la secuenciación de fragmentos de ADN, el cribado o validación de SNPs, el análisis de microsatélites, MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification), LOH (Loss of Heterozygosity) y AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Además, también nos permite la validación de líneas celulares mediante análisis de microsatélites.

• Perfiles de Expresión Génica (GeneChip de ThermoFisher)

La tecnología GeneChip de ThermoFisher permite a los usuarios el estudio de expresión de ARN en diferentes organismos (humano, ratón, rata, etc) mediante una amplia gama de microarrays. De esta manera podemos realizar diferentes tipos de análisis como: expresión génica diferencial (Clariom S Array), mapeo transcriptómico “Whole Genome Arrays” con variantes de splicing (Clariom D Array), interacción proteína-ADN (Human Promoter Array) o el estudio de Small-RNA mediante la detección de pre-miRNA, miRNA maduros, snoRNA y scaRNA (miRNA Array 4.0), entre otros.

• Estudios de Citogenética Molecular (GeneChip de ThermoFisher):

Los arrays CGH permiten detectar variaciones en el número de copias (CNV) del ADN como son delecciones, duplicaciones e inserciones de secuencias en los cromosomas. Además, los ensayos de genoma completo que cubren las regiones polimórficas (SNP) y no polimórficas también pueden detectar desequilibrios cromosómicos y alélicos que indican la ausencia de heterocigosidad (AOH), la pérdida de heterocigosidad (LOH) o fragmentos contiguos largos de homocigosidad (LCSH) (CytoScan Arrays). Dichos análisis también son posibles a partir de ADN de muestras tumorales incluidas en parafina (OncoScan FFPE Arrays) que además de CNVs y LOH, permiten la detección de mutaciones somáticas en genes de cáncer.

• Secuenciación NGS (MiSeq y NextSeq 1000 de Illumina)

Con los equipos de Illumina y mediante la secuenciación por síntesis (SBS), podemos realizar distintas estrategias de secuenciación masiva de ADN y ARN tanto de procariotas, como de eucaritoras de alta complejidad, humanos, plantas o animales. Dicho equipamiento permite procesar muestras (preparar librerías y secuenciarlas) para experimentos en transcriptómica (RNA-seq), exomas, epigenómica y metagenómica, interacción ADN/ARN y proteína, genomas completos, secuenciación de Novo o secuenciación de células únicas (single cell).

• Separación y marcaje de célula única para NGS (Chromium X de 10x Genomics)

Sistema microfluídico de alto rendimiento para llevar a cabo análsis -ómicos en el campo de single cell (célula única) que permite estudiar la variabilidad transcriptómica, fenotípica y epigenética de miles de células en un único experimento. El Chromium X utiliza un chip con un sistema microfluídico compatible con kits para rendimiento standard (ST), bajo (LT) y alto (HT). Con capacidad de analizar hasta 8 muestras, en el caso de LT y ST y hasta 16 muestras en el caso de HT.

Entre sus aplicaciones se encuentra analizar tanto cambios en el transcriptoma mediante el análisis de ARNm (scRNAseq), como el fenotipo de las células individuales mediante la detección de proteínas de la superficie celular, los reordenamientos del TCR y de las Inmunoglobulinas de células B para poder llevar a cabo un estudio de immune profiling, detectando clonalidad, diversidad y especificidad de antigénos. Además, permite llevar a cabo estudios de accesibilidad de la cromatina (scATACseq) y multiomic (scRNAseq+scATACseq). Y permite el estudio del perfil de expresión génica de un determinado grupo de genes específicos (Targeted Gene Expression), ya sea por uso de paneles prediseñados o bien personalizados.

• Análisis de calidad de muestras de ADN o ARN (TapeStation 4200 de Agilent)

Mediante los ensayos ScreenTape de Agilent para ADN podemos analizar la calidad tanto de los flujos de trabajo de los protocolos de secuenciación de última generación (NGS), como del ADN genómico, del ADN extracelular o de genotecas de NGS. Mientras que los ensayos para ARN se emplean para determinaciones cuantitativas y cualitativas de muestras de ARN total obtenidas de células eucariotas o procariotas.