Bioinformática y Biología Computacional

La Unidad de Bioinformática y Biología computacional dispone de un centro de procesamiento de datos (CPD), en el que se encuentra alojado un Servidor de Computación de Alto Rendimiento (clúster HPC), en el que llevar a cabo la ejecución y el análisis de tareas que requieren una gran capacidad de cálculo.

El clúster se implementó en 2014 y fue ampliado en 2021. Está compuesto por los siguientes nodos:

• Nodo de gestión y almacenamiento: dispone de 2 procesadores Intel XEON Cascadelake Silver 42100R (2,4 Ghz, 8,5 MB de caché), 1 tarjeta de red Mellanox Infiniband (FDR de 56Gb/s, 384 GB de memoria RAM DDR4, 2 discos SSD de 960GB y 26 discos duros HDD de 16TB cada uno.
• Nodo de gestión accesorio: dispone de 2 procesadores Xeon Ivy Bridge E5-2630 V2 (2.6 GHz, 20 MB caché, 7,2 GT/s), 1 tarjeta de red Mellanox Infiniband (FDR 56Gb/s) y 1 disco SSD de 120 GB.
• Nodo de backups: dispone de 2 procesadores Intel XEON Cascadelake Silver 42100R (2,4 Ghz, 28,5 MB de caché), 1 tarjeta de red Mellanox Infiniband (FDR de 56Gb/s, 192 GB de memoria RAM DDR4, 2 discos SSD de 512GB y 14 discos duros HDD de 16 TB cada uno.
• Nodos de cómputo:

• 4 nodos de con 2 procesadores AMD ROME EPYC 7742 (2,25 Ghz, 256 MB de caché), 1 tarjeta de red Mellanox Infiniband (FDR 56GB/s), 1024 GB de memoria RAM DDR4 y un disco SSD de 1TB cada uno.
• 4 nodos con 8 núcleos por procesador (16 por nodo) y 64 GB de RAM, y otros 4 nodos adicionales con 10 núcleos por procesador (20 por nodo) y 128 GB de RAM cada uno.

• Nodo de cómputo GPU: dispone de 2 procesadores Intel XEON Cascadelake Silver 42100R (2,4 Ghz, 28,5 MB de caché), 1 tarjeta de red Mellanox Infiniband (FDR de 56Gb/s, 192 GB de memoria RAM DDR4, 1 discos SSD de 2TB y 5 tarjetas Nvidia Tesla A 100 cada una de ellas con 40GB de RAM dedicada.

El CPD contiene, asimismo, un Servidor Web y otro de Base de Datos, en los que se almacenan, respectivamente, servicios web (sitio web de la unidad, cursos) y réplicas de bases de datos (Uniprot, PDB, GenBank, EnsEMBL):

• Servidor web: 2 procesadores Intel E5-2620 V2 (seis núcleos, 2.1 GHz, 12 MB caché, 5 GT/s), 2 tarjetas de red como RAID1 y 2 discos Seagate Constellation (2 TB, 7200 rpm, 6 GB/s, 64M caché).
• Servidor de base de datos: 2 procesadores Intel Ivy Bridge E5-2640 V2 (ocho núcleos, 2 GHz, 20 MBcaché, 7,2 GT/s, 1 tarjeta de red Infiniband (FDR 56 GB/s), 64 GB RAM, 2 SSD (120 GB) como RAID1 y 4 discos Seagate Constellation Enterprise Server (3 TB, 7200 rpm, 6 GB/s, 64M caché).

Además, el servicio de bioinformática dispone en su laboratorio de una estación de trabajo con sistema operativo lonux (Debian 8), procesador i7-5820K (6 núcleos, 2 hilos por núcleo, 3.30 GHz, 15M caché) y 16 GB RAM.

El centro posee asimismo un servidor de almacenamiento ISILON con 300 TB de espacio, para su uso por el servicio de bioinformática para copias de seguridad.

El clúster dispone de una amplia lista de software relacionados con Bioinformática y Machine Learning, así como una licencia para usar Matlab y un gestor de colas (SLURM) para el envío de trabajos.