Bioinformática y Biología Computacional

Servicio de Análisis Bioinformático

• Análisis de amplicón (ARNr 16S)

• Control de calidad.
• Análisis de diversidad alfa y beta.
• Análisis taxonómico (abundancia de OTUs).
• Análisis de asociación entre condición/tratamiento y abundancia de OTUs.
• Análisis de abundancia diferencial de OTUs.

• Secuenciación de novo de genomas pequeños (Procariotas-Levaduras)

• Preprocesamiento de datos y análisis de calidad.
• Ensamblaje de genomas.
• Anotación e identificación funcional de genes.
• Identificación, filtrado y anotación de variantes.
• Genómica comparativa:

• Análisis del pangenoma
• Alineamiento genómico global entre muestras.

• Análisis de asociación genotipo-fenotipo.

• Impacto presencia/ausencia genes en fenotipo.
• Impacto de variantes en el fenotipo.

• Resecuención genómica (exomas, genoma completo y paneles)

• Preprocesamiento de datos y análisis de calidad.
• Mapeo de lecturas a genoma de referencia.
• Identificación, filtrado y anotación de variantes.

• Análisis de expresión (RNA-Seq / Microarrays)

• Acceso y análisis de datos públicos (Ej. GEO, ArrayExpress, SRA).
• Preprocesamiento de datos y análisis de calidad.
• Análisis de expresión diferencial.
• Predicción de genes diana de miRNAs.
• Análisis de enriquecimiento funcional: ruta metabólicas (KEGG, Reactome y WikiPathways) y Gene Ontology.

• Análisis de supervivencia.

• Análisis de regresión de Cox univariante y multivariante.
• Curvas Kaplan-Meier.
• Búsqueda de firmas génicas.

Servicio de Computación de Alto Rendimiento

• Se proporcionan los recursos necesarios para cálculo intensivo en el clúster de cálculo, así como políticas de actualización y distribución de los recursos computacionales.